Aria de cuibărit
Șoimul dunărean preferă în primul rând zonele deschise cu pâlcuri de arbori, petici de pădure, pajiști cu popândăi. În partea de nord a Ungariei și în Munții Măcin din România, cuibărea în trecut şi pe stânci, adeseori în cuiburi construite de corb. În prezent, nu există nici o pereche cuibăritoare în munții din Ungaria, unde specia se refugiaseră în anii 1970. Preferă cuiburile care oferă o viziune bună pe teritoriul lor, şi o accesibilitate ușoară. În zonele de câmpie preferă cuiburile de acvilă de câmp sau codalb, aflate pe arbori solitari, dar de asemenea cuibăresc regulat în cuiburile de corvide, sau în cele clădite de alte păsări răpitoare, precum șorecarul comun sau uliul porumbar. Populația de corb a crescut în mod semnificativ începând din anii 1980, şi această specie a început să se stabilească pe stâlpi electrici de înaltă tensiune în zonele de câmpie. Şoimii dunăreni s-au adaptat acestei noi strategii şi ocupă cuiburi de corb în număr tot mai mare. Datorită acestei oportunități, în prezent șoimul dunărean ocupă noi zone, unde în trecut nu ar fi avut posibilități de cuibărit.

Cuibăritul
Șoimii dunăreni nu își construiesc cuib. În trecut ei de obicei ocupaseră cuiburi de șorecari, corbi, ciori, ocazional de acvile de câmp, codalbi, uneori și de berze albe, stârci sau cormorani. În prezent, aproximativ 85% a populației din Ungaria, cât și majoritatea perechilor din România, cuibărește în boxe de cuibărit artificiale, montate pe stâlpi de înaltă tensiune. În funcție de condițiile de vreme, zborul nupțial începe la finalul lunii ianuarie sau începutul lui februarie. În zona cuibului ales ele devin foarte agresive cu alte specii răpitoare, uneori alungă chiar și acvile. Femelele depun 3-5 ouă la mijlocul sau la sfârșitul lunii martie. Incubația începe după cel de-al doilea ou depus şi durează 32-34 zile. Puii mici sunt hrăniți de femelă cu prada adusă de mascul. Păsările tinere părăsesc cuibul după 6 săptămâni, dar adulții le învață să vâneze încă 2-3 săptămâni în preajma cuibului. Femelele devin adulte la vârsta de un an iar masculii se reproduc la vârsta de doi ani. Perechile rămân împreună toată viața.

Hrana
Prada favorită a șoimului dunărean este popândăul (Spermophilus citellus). Dacă are posibilitatea, vânează această specie, dar consumă de asemenea hârciogi, șoareci de câmp, grauri și porumbei domestici. Popândăii hibernează în timpul iernii, astfel la nivel anual, porumbelul este prada cea mai importantă a șoimilor. Păsările migratoare, în special graurii, constituie o mare parte din dieta lor în săptămânile de primăvară. În timpul iernii adulții vânează frecvent șoareci de câmp. Perechile rămân împreună şi în afara sezonului de cuibărit, deseori vânează împreună. Adesea, ele fură prada de la alte răpitoare cum ar fi speciile de erete (Circus sp) şi vânturelul roșu (Falco tinnunculus).

Migrația
În Europa păsările tinere migrează toamna către sud, iar adulții rămân în zonele de cuibărit pe tot parcursul anului. Rutele de migrație şi locurile de iernare ale șoimilor dunăreni din centrul Europei sunt puțin cunoscute. Până în prezent sunt cunoscute trei regăsiri de păsări inelate în Ungaria din Libia, unul din Malta (împușcat) şi unul din Grecia. Prin urmare, unul dintre obiectivele specifice ale proiectului LIFE+ este de a descoperi rutele de migrație şi locurile de iernare, cu ajutorul utilizării unor transmițătoare stelitare.

O parte semnificativă a populației din Asia este migratoare. Direcția principală a migrației este sud-sud-vest. Rutele de migrație şi cunoscutele locuri de iernare acoperă Africa de Nord-Est, Peninsula Arabă, Orientul Mijlociu, Pakistan, Kazahstan, Uzbekistan, părțile sudice ale Turkmenistanului, unele zone din China şi Podișul Tibet.